La humanidad ha evolucionado en nuevas formas gracias a la ingeniería genética, con seres humanos normales conocidos como "Naturales" y los alterados genéticamente conocidos como "Coordinadores". Una vez más, un joven civil que odia la guerra se encuentra pilotando un Gundam, y esta vez el héroe es un "Coordinador" llamado Kira Yamato. Al principio es forzado a luchar contra su propia gente, pero ahora se encuentra en medio de una guerra entre dos gobiernos cuyo único objetivo es el genocidio.
